Откуда появилось самое используемое слово в Русском языке не известно.
Ученые выделяют возможные две ветви от которых могло образоваться "знаменитое во все мире" слово «Хуй».

1.Бытует мнение, что происхождение слова «Хуй» монголо-татарское и утвердилось в нашем языке как ругательстве после длительного монголо-татарского ига, однако, по видимому, это не так. По одной из версий, слово «Хуй» является однокоренным слову «хвоя». Чередование  буквы «в» + гласная буква /«у».
То есть хуй — древнеславянское слово, обозначающий иголку хвойных деревьев.

Вот и думаешь потом: «при чем тут тогда мужское хозяйство?» (Хуй — половой член)

2. В Албанском hu переводится как «Кол», однако, имеется и другое значение «Половой член». Да, да! Вот оно, это уже гораздо ближе к современному значению слова.
Стоит отметить, что к тому же корню восходит, например, слово «čüä» (пенис) в уйгурском языке.